(一)办公室
负责处理机关日常事务，负责各类会议、活动的筹备组织工作，组织起草市纪委文稿文件、编发通报和信息、审核以委局及办公室名义发布的公文；督促检查州纪委、市委、市人民政府领导批办交办事项的落实情况，组织协调机要文件的办理和运行管理，保管、使用市纪委、监察局及市纪委办公室印章，制发机关各室及派出机构印章，协调机关有关工作，负责对外联系接洽、秘书、值班工作，承办领导交办的其他事项。
(二)组织部
负责纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究和制度建设；负责机关各室领导和干部队伍建设，承办有关机构编制、干部人事、人员档案、工资福利、离退休手续办理等工作，督促机关各室加强干部日常管理和监督；负责承办市纪委各派出纪工委(监察分局)领导班子和干部队伍建设以及有关综合协调工作，承办有关机构编制、干部人事、人员档案等工作；会同组织部门，负责市纪委各派出纪工委(监察分局)机构组织建设，承办相关干部人事工作；会同有关部门，负责乡镇、街道纪检监察机关领导班子建设，承办乡镇、街道和市直部门纪(工)委书记、副书记提名和考察等干部人事工作，指导基层纪检监察机关干部队伍建设和组织建设；负责纪检监察系统干部教育培训工作，会同有关部门承办对纪检监察系统的表彰、奖励工作，组织办理市委管理干部任职前回复市委组织部意见工作，负责办理各类涉及表彰、奖励等廉政审查工作；承办领导交办的其他事项。
(三)宣传部(法规研究室)
负责组织协调党风廉政建设和反腐败宣传工作，组织开展相法律法规、理论政策、形势住务、决策部署、成效经验和先进典型等宣传及舆论引导工作；负责组织协调党风廉政建设和反腐败教育工作，开展对党员、公务员的理想信念和宗旨教育、党风党纪和廉洁自律教育，组织协调廉政文化建设及纪检监察电化教育工作；负责机关的新闻事务，承担新闻发布的日常工作，组织协调党风廉政建设和反腐败信息传播工作；承办领导交办的其他事项。
(四)党风政风监督室
负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及维护昌吉市稳定和长治久安等情况的监督检查，组织协调重要监督检查活动；监督检查全市各单位党风廉政建设责任制落实情况、党政领导干部问责规定的贯彻落实；综合协调作风建设规定和廉洁自律规定的落实，开展有关党风政风监督专项检查，综合协调对违反作风建设规定问题的查处；综合分析党风政风监督工作情况，开展相关政策理论研究，提出工作建议；综合协调应由委局机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理，指导、督办相关部门对事故、事件的调查处理；综合协调党风廉政建设和反腐败工作考核。
(五)信访室
负责受理对全市各级党组织、党员和监察对象违反党纪政纪行为的检举、控告，受理不服党纪政纪处分和其他处理的申诉，处理群众来信、接待群众来访、接听举报电话、处理网络举报；对打击报复举报人的检举、控告进行核实；处置信访举报中的突发情况；对信访举报工作进行调查研究，指导纪检监察系统的信访举报工作；负责本室干部日常管理和监督，承办领导交办的其他事项。
(六)案件监督管理室
负责对市委管理干部的问题线索进行集中管理；按照查办腐败案件以上级纪委领导为主的要求，统一受理下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；负责查办案件相关工作的组织协调，建立跨部门协作办案机制，归口管理查办案件工作中与有关部门的联系协调事项；负责对依纪依法安全办案情况进行监督检查，对委局办案场所的安全保卫、保密工作进行监督检查，落实办案安全工作责任制；负责向州纪委局领导批办、交办案件及办理相关事项；负责对查办案件及报告问题线索和案件查办情况，积极查办州纪委、市委和委相关专项工作情况进行统计分析；负责委局办案场所的日常日常管理和监督，承办领导交办的其他事项。
(七)第一纪检监察室至第四纪检监察室
负责监督检查全市各党(工)委、党组落实党风廉政建设主体责任、纪(工)委、纪检组落实监督责任的情况，对涉及的市委管理干部实施责任追究；监督检查中央、区州市委关于作风建设规定的执行情况，调查处理严重违反有关规定的行为；承办市委管理干部的违纪违法案件和其他比较重要复杂案件的初核、审查并提出处理建议，承办应由委局机关参与调查事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查并提出处理建议，按照查办腐败案件以上级纪委领导为主的要求，监督、指导各乡镇、街道和市直部门纪(工)委、纪检组案件查处工作；做好问题线索的管理和处置工作；组织协调对市委管理干部的诫勉谈话工作；综合分析案件工作情况，开展相关办法措施的研究，提出工作建议；负责本室干部日常管理和监督，承办领导交办的其他事项。
(八)案件审理室
负责审理需呈报州纪委、监察局，市委、市人民政府审批或备案的案件；审理委局直接检查处理和乡镇、街道、市直部门党(工)委、党组以及政府(部门)报批或备案的案件；承办监察局给予的行政处分的解除工作；承办乡镇、街道党(工)委，市直部门党(工)委、党组，政府(部门)和委局机关有关室征求案件审理室意见的案件；起草案件审理、申诉复查、行政复议、行政应诉和解除行政处分工作的程序性条规，指导纪检监察系统的相关业务工作；承办领导交办的其他事项。
负责监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议：手里对市纪委监委机关各部室、各派驻（派出）机构、市委巡察办、各乡镇（街道）纪（工）委干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见负责问题线索初步核实及立案审查调查工作。