近年来，昌吉市通过加强行政效能监察、政风行风建设，不断规范各部门各单位行政权力运行，切实提高行政效率和服务水平，各政府职能部门公共管理和公共服务能力得到较大提升。
强化行政责任，完善问责体制机制。昌吉市先后制定下发《昌吉市行政问责暂行办法》《昌吉市构建警示训诫防线工作实施细则》《昌吉市作风效能考评实施办法》《机关工作人员效能告诫暂行办法》《昌吉市机关事业单位工作人员津贴补贴、维稳津贴及绩效考评奖金发放管理办法（试行）》《昌吉市查处南部山区违法开采矿产资源工作责任追究办法》《昌吉市控制和查处违法用地及违法建设责任追究办法》等多项问责制度，逐步完善了昌吉市行政问责的体制机制，推动行政问责规范化、常态化。
开展效能监察，提高行政服务水平。制定下发《关于进一步改进机关作风和加强行政效能建设的实施意见》，在政府系统推行岗位责任制、服务承诺制、限时办结制、首问负责制、效能投诉制、效能考评制等制度。发挥“两代表一委员”政风行风评议员的监督作用，认真抓好作风效能明察暗访，对违反作风效能建设规定的单位和工作人员进行告诫、实名通报、行政问责。
扩大问责范围，加强责任追究力度。昌吉市针对道路交通安全生产事故、乡镇规划、惠农补贴资金发放工作中失职渎职问题进行责任追究，同时结合作风建设“三项治理”工作，严查不作为慢作为问题和损害群众利益问题。2016年，市纪委监察局对77个单位169人不作为慢作为问题进行实名通报，给予党政纪处分16人，按规定扣发795名干部津贴补贴36.3万余元，开展套取政策性农业保险理赔款专项清理活动，对2名科级干部给予行政撤职处分，全年共立案查处损害群众利益案件51件，给予党政纪处分51人，其中科级干部9人，移送司法机关10人。