资金项目清单明底数。采取日常检查、专项检查、交叉检查等不同形式，仔细查阅有关账表册据、资料数据，走村入户，深入企业单位认真开展专项检查，分层级、分种类、分项目摸清底数，做到不掉一笔（资金），不漏一项（项目）。
政策清单立规矩。共梳理出三类政策：中央和区、州市各级政府制定的涉农政策的规范性文件；近两年来有关涉农项目（资金）的文件、合同（协议）、会议纪要（记录）、通知（函件）等资料；各主管单位关于涉农的请示、报告和批复等；清理涉农收费项目名称和收费情况以及有关涉农项目的预算或财务收支计划、预算执行情况、会计账簿等财务会计资料。依据政策要求对已到期、任务已完成和失去政策依据的专项资金，给予清理取消；对有明确政策期限的项目，到期后清理取消；对不符合实际、效益低下的专项资金，予以调整或取消；对符合中央和区州市政策目标，使用方向和资金性质相同或相近的资金进行归并整合。
财务清单找遗漏。围绕七类问题，梳理财务清单：是否严格执行专项资金预算；项目申报是否弄虚作假，套取财政资金；资金拨付是否足额及时；是否截留、挪用财政专项资金；是否擅自扩大或缩小资金使用范围、改变补助标准；项目实施是否按规定实行招投标制、公示制、报账制；会计核算是否真实、规范。重点核查专项资金申请、拨付、管理、使用过程中是否存在违纪违规问题，确保资金效益。
问题清单强整改。认真梳理核查中发现的问题或薄弱环节，包括三年来上级财政、审计等有关部门检查后提出的涉农资金检查报告、处理意见和与之相关问题的说明等资料以及群众投诉、咨询的相关问题，编制问题台账，将核查中发现的43项问题分为六大类，依类成立工作专班，明确具体责任人、承办人与责任单位，定期汇报，限期整改。