一是加强规范新农合管理程序.新农合定点医院向参合农牧民即时兑付,方便参合农牧民,杜绝人工操作出现不公正现象，方便群众监督，加大基金使用透明度，保障基金使用安全性。坚持转诊转院登记备案制度，严格执行自治区卫生厅《关于印发新疆维吾尔自治区新型农牧区合作医疗转诊转院管理暂行办法的通知》。
二是加强对新农合定点医疗机构督查工作。按季度对乡镇卫生院及村卫生室进行总额预付考核,针对医疗机构住院病历存在降低住院指征收治入院、过度重复检查等问题进行检查。实行核查制度。定期或不定期入户或电话随访,对参合患者补偿费用进行核查,杜绝医疗机构套取基金行为。
三是加强资金管理，实行专款专用。不定期监督检查新农合定点医疗机构，确保新农合补偿政策严格执行。实行每月不定期检查制度，核实新农合住院患者身份，杜绝冒名顶替、挂床住院现象；核查住院指征，禁止意外伤害患者新农合补偿，禁止应门诊病人住院补偿；杜绝以保养、体检为目的住院补偿；定期对各定点医疗机构住院医疗费用及补偿情况进行对比分析，及时发现并解决问题，保证基金安全使用。
四是加强对补偿费用审核监管。按照两级审核一级复核以及精细审核制度严格审核复核，对县外未即时结报住院费用在1万元以上和医院电话核对，经核对后人员信息及其费用无误给予补偿，确保新农合基金的使用安全。通过网上在线审核结算、实时监控、信息汇总和现场抽查、入户调查等方式，对各定点医疗机构不合理或违规费用，直接从结算费用中扣除，由定点医疗机构自行承担。对于不合格病历予以清退,严把报销单据审核关。
五是加强新农合经办人员的培训。组织各级定点医疗机构新农合负责人、村卫生室村医及县新农合管理中心全体工作人员参加新农合支付方式改革与门诊统筹培训班。
六是加强落实补偿公示。完善补偿公示制度,确保参合农牧民利益不受侵害。对新农合补偿程序、补偿标准、不予补偿的范围及各类补偿情况长期公示，设立举报箱、意见薄,接受群众监督。